Windows 10に更新したからなのか、IEのバージョンアップによるものなのか、いつの間にかIEでもスムーズスクロールが有効になっていました。IE自体使う頻度は少ないのでそのままでもいいんですが、なんとなく気になってしまうので設定を確認。
ツール→インターネットオプション→詳細設定→ブラウズの項目にある「スムーズスクロールを使用する」のチェックを外す
スクロール自体は設定変更直後から動作が変わりますが、変更前に比べてどうもページの読み込みが遅い。これが原因だったのかは分かりませんが、設定画面に「コンピュータの再起動後に有効になります」という文があったので、再起動したら直りました。