以下の記事を読みました。
このブログはMarkdown記法で書いていて、リンクはaタグを書くかブログカードを使っています。なので、今までMarkdownでリンクの記述自体したことがありません。
今後も使う機会があるかはわかりませんがサンプルを。
Markdownでリンクの記述
[Sprint Life](http://sprint-life.hatenablog.com/ "Sprint Life")
[Sprint Life][1] [1]:http://sprint-life.hatenablog.com/
[Sprint Life] [Sprint Life]: http://sprint-life.hatenablog.com/
2番目と3番目のリンクは見た目には分かりませんが、[]:URLはこの文章の最後に書いてあります。
Markdownを使ってテキストとしての体裁を重視するなら、中途半端にタグを混合すべきではないんでしょうが、リンク以外にテーブルや画像もタグで書いてるので、必要になったら変換かけたり手作業で直すしかない。という感じです。